ზუგდიდის მ. კოსტავას სახელობის მეორე საჯარო სკოლა დაარსდა 1938 წელს ზუგდიდში, რომელიც იმჟამად იწოდებოდა ზუგდიდის №2 საშუალო სკოლად. მისი პირველი დირექტორი იყო იოსებ ქირია. შემდეგ იგი გადაკეთდა ვაჟთა სკოლად და ამ სახელწოდებით არსებობდა 1955–1956 სასწავლო წლის დაწყებამდე. სასწავლებელი 1956 წლიდან ფუნქციონირებდა ზუგდიდის მეორე საშუალო სკოლის სახელწოდებით. 1958 წლის აგვისტოში სკოლას ლენინური კომკავშირი სახელი მიენიჭა და იწოდებოდა ზუგდიდის ლენინური კომკავშირის სახელობის №2 საშუალო სკოლად.


სკოლის პირველი დირექტორი იოსებ ქირია შეცვალა ალიოშა ხუნჯუამ, შემდეგ დადგა ეფრემ კვირტიას ხელმძღვანელობის პერიოდი, ბატონი ეფრემი შეცვალა იასონ ურიდიამ. ვაჟთა სკოლას დირექტორობდა გიგლა ჯვებენავა. №2 საშუალო სკოლის სირექტორები იყვნენ: ამბაკო ჭითანავა, ჩხოლარია გოგოლა, ციალა ქირია, ქეთინო სიგუა, ზამირა ღადუა. ამჟამად მარინე ქარცხია.
1989 წელს სკოლას მიენიჭა ქართველთა ეროვნული გმირის მერაბ კოსტავას სახელი, ხოლო 1994 წლიდან რეორგანიზებულ იქნა მერაბ კოსტავას სახელობის გიმნაზიად.
სკოლას 2006 წელს განათლებისა და მეცნიერების სამინისტროს მიერ ჩაუტარდა მთლიანი რეაბილიტაცია, რომელიც ევროპულ სტანდარტებს სრულად აკმაყოფილებს. სკოლა გახსნა საქართველოს პრეზიდენტმა მიხეილ სააკაშვილმა.



სკოლის აღზრდილები:

ნონა გაფრინდაშვილი (დ. 3 მაისი, 1941, ზუგდიდი) — ქართველი მოჭადრაკე, ქალთა შორის მსოფლიოს მეექვსე ჩემპიონი (1962-78). მსოფლიოს ხუთგზის ჩემპიონი (1962-1978).საერთშორისო დიდოსტატი ქალთა (1976) და ვაჟთა (1978) შორის. სპორტის დამსახურებული ოსტატი (1964). 1982 წლის საჭადრაკო ოსკარის მფლობელი. ფიდეს ქალთა კომისიის თვმჯდომარე (1980-1986). საქართველოს ეროვნული ოლიმპიური კომიტეტის პირველი პრეზიდენტი (1989-1996).1996 წლიდა მისი საპატიო პრეზიდენტი. საქართველოს ფიზიკური კულტურისა და სპორტის დამსახურებული მოღვაწე (1981). თავისი თაობის უძლიერესი მოჭადრაკე ქალი.

კიაზო ნადარეიშვილი – საქართველოს მეცნიერებათა აკადემიის წევრი, აკადემიკოსი, მედიცინის მეცნიერებათა დოქტორი, პროფესორი.
თამთა შედანია – "Elite Model Look International 2007"–ის გამარჯვებული.